แต่สุดท้ายศาลปกครองอุบลราชธานีก็ได้มีคำพิพากษาให้ทางสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยทำการคืนสิทธิ์การแข่งขันให้กับสโมสรอีสาน ยูไนเต็ดจากเดิมที่เป็นของสโมสรศรีสะเกษ เอฟซี พร้อมทั้งยังต้องชดใช้ค่าเสียหายรวมต้นรวมดอกเป็นจำนวนทั้งหมดกว่า 32 ล้านบาทอีกด้วย แน่นอนว่าสมาคมไม่ได้มีเงินถุงเงินถังถึงขนาดนั้น เมื่อการเจรจาไม่เป็นผลสุดท้ายพวกเขาจึงถูกอายัดบัญชีทางการเงินทั้งหมดเป็นที่เรียบร้อยแล้ว

ในช่วงวันที่ 3 พฤศจิกายนที่ผ่านมาทางสมาคมได้มีการออกมาแถลงการณ์เกี่ยวกับประเด็นดังกล่าว ประเด็นสำคัญที่ได้รับความสนใจมากที่สุดก็คือการชะลอจ่ายเงินสนับสนุนให้กับบรรดาสโมสรผู้เป็นสมาชิกในการแข่งขันไทยลีกทุกระดับ เนื่องจากจะต้องนำเอาเงินไปใช้หนี้ให้เสร็จสิ้นตามกระบวนการทางกฎหมายก่อนเป็นจำนวนเกือบ 32 ล้านบาท ทางสมาคมได้มีการพยายามเจรจาขอผ่อนผันชำระหนี้กับกรรมการสโมสรอีสานเป็นที่เรียบร้อยแล้ว แต่ไม่เป็นผลแต่อย่างใด

ด้วยเหตุนี้เงินทั้งหมดของสมาคมที่ฝากเอาไว้ในบัญชีจึงถูกอายัดทรัพย์ ในปัจจุบันพวกเขาขาดสภาพคล่องทางการเงินเนื่องจากมันไม่เพียงพอต่อการชำระหนี้แต่อย่างใด และยังต้องสำรองเงินเอาไว้สำหรับการชำระค่าสินไหมทดแทนอีกต่างหาก จึงเป็นเหตุผลที่มาของการชะลอการจ่ายเงินสนับสนุนให้กับสโมสรในไทยลีกเพื่อชำระหนี้ให้กับอีสาน ยูไนเต็ดให้ครบถ้วนตามที่ศาลได้มีคำพิพากษาเอาไว้

ก่อนหน้านี้ทางสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยได้แสดงถึงความเคารพและความพร้อมในการดำเนินการตามที่ศาลปกครองสูงสุดได้มีคำพิพากษาลงมาถึงจะอยู่ภายใต้สถานการณ์ที่เต็มไปด้วยความยากลำบากก็ตาม แต่ก็จะพยายามแก้ไขให้ดีที่สุดเพื่อให้วงการฟุตบอลสามารถเดินหน้าต่อไปได้ไม่ว่าจะเป็นการแข่งขันลีกอาชีพ การแข่งขันทีมชาติไทย การแข่งขัน YOUTH LEAGUE การพัฒนาผู้ฝึกสอนและผู้ตัดสิน และกิจกรรมอื่นที่เกี่ยวข้อง

เหตุดังกล่าวนั้นเกิดจากมติของสภากรรมการชุดเดิมของสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยที่ในขณะนั้นนายวรวีร์ มะกูดีนั่งเป็นนายกสมาคม ศาลพิพากษาว่ามติดังกล่าวเป็นการตัดสินโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย ก่อให้เกิดความเสียหาย และไม่ได้เกิดจากการบริหารกิจการของสภาชุดปัจจุบันแต่อย่างใด หน้าที่ของกรรมการในชุดปัจจุบันจึงเป็นการไล่เบี้ยกับสภากรรมการชุดเก่าและผู้ที่มีส่วนเกี่ยวข้องในอนาคต ทางสมาคมกีฬาฟุตบอลได้มีการชี้แจงสาเหตุเกี่ยวกับสิ่งที่เกิดขึ้นว่าเป็นผลจากมติที่สมาคมกีฬาฟุตบอลชุดเดิมยืดเยื้อมาเป็นระยะเวลายาวนาน โดยกรรมการชุดดังกล่าวนั้นประกอบไปด้วยนายกสมาคมอย่างนายวรวีร์ มะกูดี อุปนายกประกอบไปด้วยนายประเวชรัตนเพียร นายไบรอัน ลินด์เซ มาร์การ์ นายวิชาญ มีนชัยนันท์ นายวิมล กาญจนะ นายพีระ ฟองดาวิรัตน์ และนายชาติชาย พุคยาภรณ์ และยังประกอบไปด้วยกรรมการกลางอีกเป็นจำนวนกว่า  12 คนด้วย